הטעם:

בספר יהושע (ה, יא) נאמר 'ויאכלו מעבור הארץ ממחרת הפסח מצות וקלוי בעצם היום הזה. וישבות המן ממחרת באכלם מעבר הארץ'. במלים אחרות אחרי שאכלו את המצות שנאפו מקמח תוצרת הארץ, ולא לחם שמימי המן, פסק המן לרדת, והתחילה הבעייה: הפרנסה מניין? בלשון חז'ל מדובר על 'מפתח של פרנסה' שנמצא בידי הקב'ה ולא מסרו לידי שליח (תענית ב ע'ב) ולכן נשתרבב המנהג אחרי הפסח לבקש את המפתח של פרנסה, כפי שבני ישראל ביקשו אז, אחרי הפסח, והחלות העשויות במפתח רומז לתפילה ובקשה זו.

טעם שני:

מדובר בספרי הקבלה על חמשים שערי בינה, שאדם מישראל הסופר ספירת העומר עובר בהם, או צריך לעבור בהם, עד הגיעו לשבועות שהוא השער החמישים, לכל שער יש מפתח, ונקיבת החלות במפתח בתחילת ימי הספירה, רומזים לשערי הבינה הללו.