האדמו"ר האחרון של חב"ד, הרב מנחם מנדל שניאורסון, הרבי מלובביץ', ניסה לענות תשובה אחרת. הוא קבע כי אלוהים "הוא מרומם ומתנשא עד שאין ביכולת נברא להבין את ההיגיון שבמשפטיו". הרבי מלובביץ' השווה את ההתבוננות האנושית במעשי האל להתבוננותו של הדיוט במעשי רופא מנתח. "עם כל הכאב האיום שבטרגדיה הזאת ברור ש'אין רע יורד מלמעלה', ובתוך הרע והסבל של הצרות טמון טוב רוחני ונשגב ואף על פי שאין שכל אנוש משיגו,קיים הוא בכל תוקפו.הנה כך קיימת גם אפשרות ששואה פיזית תהיה טובה רוחנית, משום שתחומי הגוף והנפש אינם בהכרח מקבילים", כתב . הרבי מלובביץ' הוציא את השואה מתחום השיפוט האנושי והסביר: "אדרבה, תיתכן אפשרות שפגיעה פיזית בגוף תהיה טובה וישועה רוחנית. תאר לעצמך אדם הנקלע לבית-החולים ונכנס לחדר ניתוחים. לפניו מתגלית תמונה מחרידה: אדם כפות שוכב על שולחן הניתוחים ומסביבו כעשרה אנשים רעולי פנים, בידיהם סכינים ומתכוננים הם לקטוע אחד מאבריו. אם ידיעותיו של אורח זה ברפואה, ובכל הקשור בנושא זה, הן אפסיות, הרי אדם זה בטוח כי הוא עד לתופעה קניבלית, וכל זאת משום שאינו מבין כלל ברפואה ואינו יודע את מצבו של החולה בעבר, בהווה ובעתיד. "לו ידע שאותו איבר העומד לקטיעה פועל ללא תקנה ומסכן את חיי החולה וכדי להציל את חייו חייבים הרופאים, ובראשם הפרופסור, לנתח ולקטוע את האיבר הנגוע - כי אז לא היה זועק. וכמשל, כך הנמשל: הקב"ה, כאותו פרופסור, מנתח, יודע את אשר לפניו ורוצה בטובתן של ישראל, הרי ברור שכל מה שעשה לטובה עשה". עונש , לא נקמה על שאלת ההמשך המתבקשת - מדוע, אם כן, נספו בשואה גם יהודים חרדים אשר לא היו זקוקים ל"ניתוח" - השיב הרבי מלובביץ' בשם האדמו"ר מחב"ד שקדם לו, הרב יוסף יצחק שניאורסון: "אדם שנענש בגלל מעשה שעשה, סופג סטירה בלחיו אף על פי שהמעשה הרע, עשה בידיו. וזאת משום שהעונש אינו בא כנקמה חס וחלילה אלא כדי שיתקן מעשיו. לכן, בתחילה מנסים עונש קל, ורק אם אין זה מספיק נאלץ המחנך להעניש קשות כדי שהעונש יביא את החניך לתיקון מעשיו. ובכדי שהעונש יהיה יעיל וישפיע על תיקון מעשי האדם, הוא ניתן בפנים, עיקרו של אדם, וכך גם עם ישראל, מלבד שנענש בעונש קשה מבחינה כמותית היה העונש קשה שבעתיים כאשר פגע בציבור שהיווה את פני הדור".